TL;DR
集約のトップにあるエンティティ。Domain Modeling Made Functional 第5章の例では、OrderLine（注文明細）のコレクションを持つ Order（注文）が集約ルートにあたる。
なぜ必要か
Domain Modeling Made Functional 第5章 によると、イミュータブルなデータでは、子のエンティティを 1 つ変えるだけでも、集約ルートのレベルで作業する必要がある。明細の価格を変えたら、新しい明細のリストを持つ新しい注文を作り直すことになる。変更の入り口を集約ルートにまとめると、注文の合計金額のように、集約の中で整合性を保つべき値も同じ処理の中で更新できる。
仕組み
集約内のオブジェクトへの変更はすべて集約ルートを起点にする。ほかのエンティティは集約ルートの識別子によってだけ集約を参照する。たとえば Order には Customer のレコードそのものではなく CustomerId を持たせる。レコードを持たせると、Customer を更新するたびに Order も更新しなければならなくなる。
注意点
エンティティを集めただけでは集約にならない。Customer のリストはエンティティの集まりだが、ルートとなるトップレベルのエンティティを持たず、整合性の境界にもならないので、集約ではない。