TL;DR
コンピュータシステムを構成する物理的なハードウェアそのもの、またはハードウェアを直接制御すること。
仕組み
Wikipedia によると、ベアメタルのコンピュータ（bare machine）はオペレーティングシステムを持たず、その上で動くソフトウェアはハードウェアと直接やり取りする。
例
初期のコンピュータでは、機械語を直接メモリに読み込んで実行していた。今でも組み込みシステムのマイコンは、OS を読み込まずに単一の目的のソフトウェアを直接起動することが多い。
注意点
OS のシステムコールのオーバーヘッドがないので、速く動き、使うメモリや電力も少なくて済む。OS に由来する脆弱性もない。一方で、メモリ管理のような OS のサービスが使えないので、開発の手間が増え、デバッグも難しくなる。クラウドやホスティングでいう「ベアメタルサーバ」とは別の言葉である。