TL;DR
構造化された文書を書くためのプレーンテキストの形式である。メールや Usenet の書式の慣習をもとにしている。
なぜ必要か
作者の John Gruber によると、Markdown の設計で最も重視したのは読みやすさである。Markdown の文書は、タグや書式の指示で装飾したようには見えず、プレーンテキストのままでも公開できることを目指している。
仕組み
Gruber の Markdown は 2 つのものを指す。1 つはプレーンテキストの書式の構文で、もう 1 つは、その構文で書いたテキストを HTML に変換する Perl 製のツールである。ツールは、標準では XHTML 形式のタグを出力する。
注意点
Gruber による元の構文の説明は、構文を曖昧さなく定めていない。そのため実装ごとに解釈が大きく分かれてきた。これに対して、曖昧さのない標準の仕様とテストスイートを定めたのが CommonMark である。仕様書は https://spec.commonmark.org/ で公開されている。