TL;DR
自分のプロジェクトが直接依存しているパッケージが、さらに依存しているパッケージとの関係。自分では使っていなくても、依存をたどると必要になるパッケージである。
なぜ必要か
依存関係は自分が書いたものだけでは終わらず、依存先の依存先へと連なっている。Effective TypeScript 第2版 ―型システムの力を最大限に引き出す83項目 によると、npm に公開したパッケージをインストールすると、その dependencies もインストールされる。自分のプロジェクトに入るコードの全体を知るには、推移的な依存までたどる必要がある。
仕組み
Go の Modules Reference では、メインモジュールの import 宣言に現れるパッケージを直接の依存（direct dependency）、推移的にインポートされるが import 宣言には現れないパッケージを間接的な依存（indirect dependency）と定義している。go.mod では、間接的な依存の require に // indirect のコメントが付く。モジュールどうしの要求は、メインモジュールを根とする有向グラフ（モジュールグラフ）で表される。
例
Effective TypeScript の例では、プロジェクトが @types/foo と @types/bar に依存し、@types/bar も @types/foo に依存している。2 つが求める @types/foo のバージョンに互換性がないと、npm は両方のバージョンを入れ子のフォルダにインストールする。すると宣言が重複してエラーになり、コンパイラのパフォーマンスも悪くなる。npm ls @types/foo で重複の原因を突き止められる。
注意点
Effective TypeScript は、npm にパッケージを公開するときは型の推移的依存関係を避けるよう勧めている。